Por força de orientação do Conselho Federal de Medicina, o CREMESP não firma Acordos Coletivos de Trabalho, garantindo os direitos trabalhistas de seus funcionários através da Consolidação das Leis do Trabalho, Plano de Cargos Carreiras e Salários e Atos Administrativos anuais, vinculados ao Planejamento Orçamentário da Autarquia.